L'Université Batna 2 - Chahid Mostefa Ben Boulaid est organisée en cinq facultés et trois instituts qui proposent toute une panoplie de formations réparties sur six domaines :
| Sciences et Technologie (ST) |
| Lettres et Langues Etrangères (LLE) |
| Mathématiques et informatique (MI) |
| Sciences de la Nature et de la Vie (SNV) |
| Sciences de la Terre et de l'Univers (STU) |
| Sciences et Techniques des activités Physiques et Sportives (STAPS) |
